Ataunen jaio eta Beasainen Oria errekara urak isurtzen dituen Agauntza ibaiak Ataun aldenik alde zeharkatzen du. Ibai hau Lizarrusti inguruan jaio eta Ataungo lurretan egiten dituen hamabost kilometro inguruan zehar, hainbat eta hainbat erreka eta errekastotako urak biltzen ditu.

Urari dagokionez, Ataungo Domoko akuiferoen garrantziaz gain, Aralarko beste gune batzuetako akuiferoak aipatzea beharrezkoa da. Izan ere, Aiaiturrietan, Ataungo iturburu garrantzitsuenean, Domoaren hegoaldeko nahiz Aralarko mendiaren hegoaldeko urak azaleratzen dira. Kontuan izan behar da, Aiaiturrietako uren zati bat giza-hornidurarako erabiltzen dela. Modu berean, bertako urek elikatzen duten Aiaiturrieta erreka ere bertan jaiotzen da.

Aipagarria da, baita ere, Lareoko urtegia. Hau Enirio-Aralar Mankomunitateko lurretan baldin badago ere, bertara iristeko bideak nahiz bertako ur-emarien ibilguak Ataunekin lotzen dute zuzen-zuzenean.

Orain arte aipatutakoez gain, garrantzia handiko erreka ugari daude Ataunen. Horren adibide dira, Domoko ertza zeharkatzen duten Aitzarte eta Kobatxo errekak. Era berean, nabarmentzekoa da San Gregorio auzotik mendebaldera hedatzen den Lauztierreka erreka eta izen bereko harana.