El río Agauntza, nace en Ataun y vierte sus aguas al río Oria en Beasain. Este río, que nace en la zona de Lizarrusti y recorre los quince kilómetros que recorre el territorio de Ataun, recoge las aguas de numerosos arroyos y regatas.

En cuanto al agua, además de la importancia de los acuíferos del Domo de Ataun, es necesario mencionar los acuíferos de otras zonas de Aralar. De hecho, en Aiaiturrieta, el manantial más importante de Ataun, afloran tanto las aguas al sur del Domo como las aguas del sur de la sierra de Aralar. Hay que tener en cuenta que parte de las aguas de Aiaiturrieta se destinan a abastecimiento humano.

También destaca el embalse de Lareo. Si bien se encuentra en terrenos de la Mancomunidad de Enirio-Aralar, tanto el acceso al mismo como el cauce de sus caudales comunican directamente con Ataun.

Además, en Ataun existen otros arroyos de gran importancia. Como los ya mencionados Aitzarte y Kobatxo que atraviesan el borde del Domo o el arroyo Lauztierreka que se extiende al oeste del barrio de San Gregorio.