La rivière Agauntza, naît à Ataun et verse ses eaux à la rivière Oria à Beasain. Cette rivière, qui naît dans la région de Lizarrusti et traverse les quinze kilomètres qui longent le territoire d’Ataun, recueille les eaux de nombreux ruisseaux et régates.

En ce qui concerne l’eau, outre l’importance des aquifères du dome d’Ataun, il faut mentionner les aquifères d’autres zones d’Aralar. En effet, à Aiaiaiturrieta, la source la plus importante d’Ataun, affleurent à la fois les eaux au sud du Dôme et les eaux du sud de la sierra d’Aralar. Il convient de noter qu’une partie des eaux d’Aiaiturrieta est destinée à l’approvisionnement humain.

Le réservoir de Lareo est également remarquable. Bien qu’il soit situé sur des terrains de la Communauté d’Enirio-Aralar, l’accès à celui-ci et le débit de ses débits communiquent directement avec Ataun.

En outre, il y a d’autres ruisseaux d’une grande importance à Ataun. Comme ceux déjà mentionnés Aitzarte et Kobatxo qui traversent le bord du Domo ou le ruisseau Lauztierreka qui s’étend à l’ouest du quartier de San Gregorio.