Ataungo Domoa geologiaren ikuspegitik inguruan dagoen egiturarik bitxienetakoa da. Orain dela milioika urte asko itsaspean material ezberdinak metatzearen ondorioz, arroka buztintsuen artean kare harriak pilatu ziren. Iberiar plakak Europar plakarekin talka egin zuenean, material guzti hauek deformatzen eta kanporatzen hasi ziren. Ataungo Domoaren kasuan, bi tolesen arteko interferentzia bat gertatu zen, arrokak kupula eran deformatuz. Gaur arteko higadura prozesu luzearen ondorioz, material horiek gaur egungo erliebea izan arte eraldatu dira. Material buztintsuak biguinagoak direnez, kareharriak nabarmendu dira paisaian, koroa formako mailo eta gailurretan.

Herrian Aitzarte izenez ezagutzen den eremuak, izenak berak dioen bezalaxe, Domoko harkaiztien barruan hedatzen diren lurrak izendatzen ditu. Inguruan, Domoaren ertzeko tontor nagusiak identifikatu ditzakegu: Jentilbaratza, Aizkoate, Intzartzu, Arastortz, Agautz, Leizadi, Asundi eta Loibeko Mailoak, besteak beste. Aitzarten jaio eta Domoko ertza zeharkatuz Aitzarte eta Kobatxo errekek higaturiko arroilak ere aipagarriak dira.

Kare harrizko arroka hauetan urak disoluzio bidez eragindako higadurak barrunbe sare itzela sortu du. Horregatik, Domoan 200 koba eta leize baino gehiago identifikatu dira dagoeneko. Barrunbe hauek milaka metrotako galeria sare erraldoia osatzen dute Domoaren barruan. Bertan dauden akuiferoek ere garrantzia nabarmena dute, herriko erreka eta iturri ugari hauetatik hornitzen direlako.